环境管理体系审核是指组织内部对环境管理体系的审核，是组织的自我检查与评判。内审的过程应有程序控制，定期开展。内审应判断对环境管理体系是否符合预定安排，是否符合ISO14001标准要求。环境管理体系是否得到了正确实施和保持，并将审核结果向管理者汇报。

环境管理体系审核对象是环境管理体系，一次完整的内审应全面完整地覆盖组织的所有现场及活动，覆盖ISO14001环境管理体系标准所有要素，并包括组织的重要环境因素受控情况，目标指标的实现程度等内容。

环境管理体系审核应保证其客观性、系统性和文件化的要求，应按审核程序执行。内审的程序应对以下内容进行规定:
A、审核的范围，可包括审核的地理区域、部门或体系要素;
B、审核的频次，应根据组织自身的管理状况和外部机构要求确定;
C、审核的方法，一般可包括检查文件及记录，观察现场及操作，与相关人员面谈等;
D、审核组的要求和职责，如审核组长及组员的能力与职责等;
E、审核报告及结果的要求和报送办法等。在开展每次审核前应制定审核计划(方案)，包括人员与时间的安排。审核的内容应立足于所涉及活动的环境重要(复)性和以前审核的结果。

环境管理体系简称EMS,我国新版环境管理体系认证标准是:GB/T 24001:2004等同于ISO 14001﹕2004环境管理体系--要求及使用指南。